한림원의 이사는 정회원, 종신회원 중에서 소속학부 정회원의 투표로 선출하여 총회의 인준을 받아야 한다. 임기는 3년이며 연임할 수 있다. 한림원은 2018년부터 매년 당연직 이사를 제외한 이사 4인을 선출하는 이사 순환제를 도입했다. 2023년 선출 이사 4인의 임기는 2024년 3월 1일부터 2027년 2월 28일까지 3년이다.

한림원의 감사는 정회원, 종신회원 중에서 전체 정회원의 투표로 선출하여 총회의 인준을 받아야 한다. 2023년 선출 감사인 방영주 교수의 임기는 오는 12월 12일부터 2025년 12월 11일까지 2년이다. 

이사와 감사는 이사회의 일원으로 △업무집행 및 사업계획운영에 관한 사항 △정관변경에 관한 사항 △회원의 선출에 관한 사항 △중요한 규정의 제정 또는 변경에 관한 사항 등 한림원 운영에 필요한 주요한 사항을 심의 의결하고, 법인의 업무와 재산상황을 감사하는 일을 담당한다.

한림원은 12월 중 과학기술정보통신부의 승인을 받을 예정이다.